仲敦巴幼年丧母，其父续娶；因与继母不和而离家出走，在半路上遇到正要到尼泊尔去的赛尊，就在路上拜他为师。赛尊从尼泊尔学法返回后，就把仲敦巴带到了自己家里。仲敦巴对赛尊勤谨侍奉，为他做放牧、推磨等农牧业生产在内的各种活，还努力向他学习佛法。后来听说阿底峡到了阿里，仲敦巴要去阿里向阿底峡学习，赛尊非常同意，为他准备了牲口、行李、书籍等，送他上路。仲敦巴走到拉萨附近的彭域，遇到鲁梅十人中一人的弟子——噶瓦·释迦旺秀，仲敦巴告诉他，自己要去请阿底峡。释迦旺秀很赞成，于是两人商量好，如果阿底峡接受邀请，愿意到卫藏来，就由仲敦巴写信回来，请噶瓦和卫藏各地方领袖人物商量，共同迎请阿底峡。

　　木鸡年（１０４５年）初，仲敦巴到达布让加香，遇到正准备经尼泊尔返回印度去的阿底峡。仲敦巴向他介绍了拉萨、山南等地区包括桑耶寺在内的各大寺院的情况，并说那里的数千名僧人都迫切希望大师前去传教。他对阿底峡作了极大供养，阿底峡也给他作了灌顶。于是阿底峡改变了返回印度的主意，决心本着佛教徒弘扬佛法的心愿，答应接受邀请。仲敦巴立即写信给噶瓦，噶瓦将这一消息告诉了鲁梅的四柱弟子之———主持杰拉康寺的尚那囊·多杰旺秀及其他有关的人，并且和卫藏各地方势力共同商议，派出代表去迎接阿底峡。前去迎接的代表与阿底峡、仲敦巴一行在后藏的贝塘地方相会，然后一同沿着雅鲁藏布江，经过后藏来到拉萨。阿底峡在桑耶寺传教期间，和西藏译师共同翻译了《二万五千般若光明释》及阿赭黎世亲所著的《摄大乘论释》等许多经典著作。

阿底峡在卫藏地区传教达９年之久（１０４５—１０５４），在这期间他先后到过桑耶、叶尔巴、彭域、聂塘等地方和许多寺院，跟他学佛法的人很多，其中著名的有库敦·尊哲雍仲、俄勒巴喜饶和仲敦巴等人，而以仲敦巴追随阿底峡的时间最长。从１０４５年迎请阿底峡直至１０５４年阿底峡在聂塘圆寂，他一直在阿底峡跟前。在阿底峡诸弟子中，以仲敦巴年岁最长，所学最多，处于大师兄的地位。木羊年（１０５５年），仲敦巴在聂塘主持了悼念阿底峡的仪式，并在那里建了一座寺院。这以后，他回家乡去了一次。不久，藏北当雄一带的地方头人们集会，派人请仲敦巴到热振地方去传教。火猴年（ １０５６年）初，仲敦巴带领阿底峡的其他弟子，连同阿底峡的遗体一起搬到了热振地方，同年修建了热振寺，将阿底峡的遗骨供奉在热振寺银塔中。噶当派就是以热振寺为根本寺院，由仲敦巴传承阿底峡的教旨而逐步发展起来的。

仲敦巴一生虽未受过比丘戒，但他持戒极严，佛法精深，传教极广，开创噶当派，胜过其他比丘僧，将一生奉献给弘扬佛法事业。他于藏历第一绕迥之木龙年（１０６４年，宋治平元年）圆寂。

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