格敦嘉措于１３９１年，生在后藏萨迦寺附近的一个牧场主家庭。父名贡保多吉，母名觉真朗吉，格敦嘉措兄弟姊妹五人，他排行第三。因家境贫寒，少年时一直在家劳动，帮助父母牧羊维持生活。

　　格敦嘉措十五岁，出家为僧。是年３月，在纳塘寺，依成就慧为亲教师，受沙弥戒，五年后受了比丘戒。２５岁的格敦朱巴跟他的师父端智克一同慕名前来听讲，对宗喀巴的讲授深为折服，格敦朱巴乃拜宗巴为师，学习格鲁派教法。宗喀巴大师在甘丹寺圆寂后，格敦朱巴又从甘丹寺第二任法台贾杰闻习显密诸论。水鼠年（１４３２年）贾杰圆寂后格敦朱巴复从克珠杰学习多种要法。火兔年（１４４７年），格敦朱巴得到桑主则（即今日喀则）宗本乃穹吉巴·班觉桑布之资助，兴建了札什伦布寺，任该寺首任赤巴（法台）长达３８年。遂成格鲁派在后藏的唯一大寺，并为西藏格鲁派四大寺之一。格敦朱巴在札什伦布寺又建了弥勒菩萨和身语意佛像、宝塔，供奉殊胜弟子，有功于藏传佛教的弘扬。

　　藏历第八绕迥之木马年（１４７４年，明成化十年），格敦朱巴在札什伦布寺圆寂，时年８４岁。